それは、とある未来の東京。
新宿で起こった原因不明の大爆発事件の後、
街中で、ある奇妙な花が発見される。
見目麗しいその花は、驚異的なスピードで大繁殖し、
やがて新宿全体を覆い尽くした。
花 ―"害花（ハザード・フラワー）"と呼ばれる― によって、
都市機能を停止した新宿は、外界との接続を遮断した。
害花は、人間さえも養分とする食虫植物の亜種であり、
取り残された多くの人間が、その命を落とした。
しかし特定の年齢の少女のみ、
害花の影響を受けず補食されることはなかった。
"新宿大庭園"
少女達は、ここで生き続けている。
PROLOGUE
紅崎クレア・灰村ユキノ・白寄ヒナは幼馴染み。
何をするにも一緒だったが、クレアとユキノは、ヒナに友達以上の感情を抱いていた。
ある日、三人は新宿に遊びに出かけるが、クレアとユキノは街中で口論になってしまう。
ヒナが仲裁に入ろうとした所、付近で爆発事故が発生。巻き込まれたヒナは、二人の目の前で命を落とした。
それから五年後。新宿大庭園で彼女達は生きていた。
害花がもたらす、”シフト”能力を使い、クレアは日々の暮らしのために奔走し、ユキノは外に出る為に画策する。
そんな２人の前に、死んだはずのヒナが現れ……